La création de la Faculté de Médecine allait changer le destin de la ville et lui donner un rayonnement international sans précédent.
Jusqu'au début du XIVème siècle, la faculté n'occupe aucun bâtiment propre. Les cours sont dispensés au domicile des Régents, seuls les actes sont réalisés dans l'église Saint Firmin. Des gravures de l'époque, conservées au Musée d'anatomie de la Faculté, montrent la réalité de cet enseignement à travers des scènes de dissection devant des étudiants.
En 1340, l'Université crée un cours d'anatomie qui fera bientôt sa renommée.
Très vite, cette réputation attire les étudiants de toute l'Europe.
Parmi les grands praticiens qui enseigneront à la Faculté et les personnages illustres qui vont y étudier, citons : Arnaud de Villeneuve, Gui de Chauliac, Nostradamus, Jean d'Alais et Petrus Hispanus, futur pape Jean XXI. Citons également Guillaume Rondelet, François Rabelais qui y obtint son titre de docteur en médecine, François de Lapeyronie, chirurgien du roi, qui soigna les souverains d'Europe et fonda l'Académie de Chirurgie et, plus tard, Paul-Joseph Barthez médecin personnel de Louis XVI et de Bonaparte, fondateur de la biologie...
Le XIXème siècle verra la création du grand amphithéâtre, du bâtiment Henri IV, du bâtiment d'anatomie et de l'Institut de biologie.
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